Kolejnym dokumentem, który należy dołączyć do wniosku rejestracyjnego do GIODO, jest Instrukcja zarządzania systemem informatycznym. Zgodnie z § 3 ust. 1 rozporządzenia, instrukcja ta jest ważną częścią dokumentacji opisującej sposób przetwarzania danych osobowych w firmie oraz środki techniczne i organizacyjne, które mają zapewnić tym danym ochronę.